Ольга, здравствуйте,
Если Вы подали Уведомление об отказе от применения упрощенной системы налогообложения (форма N 26.2-3), то, к сожалению, это означает, что УСН не вправе применять.
Принятие налоговым органом впоследствии заявления о том, что применяете УСН с 2015 года не означает ничего — они обязаны принять все ваши заявления.
Сейчас, вероятно, идет проверка. Можно посоветовать применить ст.145 НК РФ, если сумма позволяет, чтобы освободиться от НДС.
1. Организации и индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее в настоящей статье — освобождение), если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей.
Вот это заявление можно подать «задним числом».
Если нет, то можете попробовать оспорить начисление по ОСНО, но шансы минимальны.
Постановление Арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 12.08.2014 по делу N А70-13632/2013
Власов Андрей
В данном случае УСН применяли, но другой объект. У Вас, как правильно сказал коллега, ситуация хуже, — отказ от применения УСН.
Поскольку Вы подавали отчетность по УСН и налоговая ее принимала, то это свидетельствует о применении Вами УСН, что подтверждает и судебная практика.
Постановления ФАС Московского округа от 17.01.2013 №А40-132242/11-90-550, ФАС Восточно-Сибирского округа от 12.03.2009 №А33-1275/08-Ф02-874/09 (оставлено в силе Определением ВАС РФ от 05.06.2009 №ВАС-6212/09), ФАС Северо-Западного округа от 29.09.2009 №А56-22258/2007, от 22.05.2009 №А56-41347/2008)
…
заявитель не относится к налогоплательщикам, указанным в пп. 14 п. 3 ст. 346.12 Кодекса, которые не вправе применять упрощенную систему налогообложения,
Рябинин Олег
К сожалению, эта практика давно не актуальна
Внесены изменения в ст.346.12 НК РФ с 1 января 2013 года
3. Не вправе применять упрощенную систему налогообложения:
19) организации и индивидуальные предприниматели, не уведомившие о переходе на упрощенную систему налогообложения в сроки, установленные пунктами 1 и 2 статьи 346.13 настоящего Кодекса;