Ирина, добрый день.
Самый простой и благоприятный для Вас и банка вариант, это оформить брата в статусе ИП поручителем по кредиту.Тогда у банка не будут возникать вопросы в части оснований для зачисления платежа по кредиту.
Отношения между Вами и поручителем при погашении последим задолженности по кредиту будут определяться гражданским кодексом, а именно статьей:
Статья 365. Права поручителя, исполнившего обязательство
1. К поручителю, исполнившему обязательство, переходят права кредитора по этому обязательству и права, принадлежавшие кредитору как залогодержателю, в том объеме, в котором поручитель удовлетворил требование кредитора. Поручитель также вправе требовать от должника уплаты процентов на сумму, выплаченную кредитору, и возмещения иных убытков, понесенных в связи с ответственностью за должника.
2. По исполнении поручителем обязательства кредитор обязан вручить поручителю документы, удостоверяющие требование к должнику, и передать права, обеспечивающие это требование.
3. Правила, установленные настоящей статьей, применяются, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или договором поручителя с должником и не вытекает из отношений между ними.
Чтобы урегулировать вопрос возврата суммы кредита поручителю Вам следует либо исключить такой порядок в договоре поручительства согласно части 3 указанной выше статьи, либо дополнительно заключить зеркальный договор займа между Вами и ИП, требования по которому можно будет зачесть как однородные встречные.