Здравствуйте.
Да, платить нужно, так как алименты изначально выплачиваются с заработной платы после вычета всех налогов.
разъяснение содержится в Письме Федеральной службы по труду и занятости от 28.12.2006 N 2261-6-1.
Например, в 2006 г. учреждение удерживает алименты с дохода работника на основании исполнительного листа. Сумма алиментов рассчитывалась исходя из его зарплаты, уменьшенной на сумму налога на доходы. Но в феврале 2007 г. работник представил уведомление из налоговой инспекции о том, что он имеет право на получение имущественного вычета. В данном случае ему возвращают всю сумму подоходного налога, которая была с него удержана. Исходя из разъяснений вышеуказанного Письма учреждению следует пересчитать алименты и доудержать эту сумму с работника.