Мария, добрый вечер, для начала нужно успокоится. Система налогообложения в виде УСН (Упрощенная система налогообложения) для вас самая оптимальная. Поскольку применять общую систему налогообложения вам будет еще труднее. Для 1 бухгалтера нагрузка по оптовой и розничной продаже + 30 работников много, а отсюда и ошибки в работе.
Я предполагаю, что ваш бухгалтер за 1 ЗАРПЛАТУ вел учет и налогообложение (что и следовало делать бухгалтеру), вел кадровую работу (принять, уволить, оформить отпуск, проконтролировать больничные), но это не работа бухгалтера, и вел работу юриста (отвечал на требования налогового органа, писал отзывы и т.п.) что делать то же не должен.
Менять систему налогообложения не стоит, а вот грамотного бухгалтера найти надо + кадровый работник (желательно с юридическим образованием). И работу между ними разделить согласно четким должностным инструкциям.
Если пока бухгалтера найти не можете, то можете обратится к аудиторам, которые проанализируют состояние ваших дел и выявят, что не так делал бывший ваш бухгалтер, и какие ошибки привели к штрафным санкциям.
Если вы занимаетесь розничной торговлей, то можно задуматься и о применении ЕНВД (система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход) по розничным продажам, тогда налоговая нагрузка может уменьшиться. Но здесь нужен грамотный подход и точное соблюдение законодательства (Глава 26.3 Налогового кодекса Российской Федерации).
Желаю вам удачи!
Если в магазине будут продаваться товары собственного производства, то ЕНВД тут применять нельзя.