Здравствуйте, Вероника.
Полученная услуга оказана одним хозяйствующим субъектом (ИП), исполнителем, другому хозяйствующему субъекту (ООО), заказчику. В рамках ГК такая сделка возможна. Каждый субъект решает, каким видом деятельности заниматься и на какой системе налогообложения ему работать. Если ИП занимается видом деятельности только для ФЛ, то сделка с вашим ООО у него может идти по другой системе налогообложения. А может и нет. В любом случае, заказчик приходует услугу на основании акта без НДС. Кроме документа, подтверждающего оплату, ООО и ИП должны подписать акт об оказании услуги. Поскольку речь о НДС не идет, счет-фактура не нужен. Документальное подтверждение у заказчика есть. Это акт. Есть подтверждение оплаты.