Здравствуйте.
По первой квартире: налог платить не нужно, поскольку срок владения более 3-х лет. В данном случае действуют прежние правила, где сохраняется 3-х летний срок владения, т.к. регистрация права собственности была до 2016г.
По второй квартире: налог платить также не нужно, поскольку доход не будет получен так стоимость продажи менее стоимости покупки данной квартиры. К тому же указанная вами стоимость продажи равна размеру имущественного налогового вычета 1 млн.р., на который по закону может быть уменьшена налогооблагаемая база сумма и в данном случае она будет равна 0.
Таким образом при продаже обеих квартир, при указанных вами условиях, подоходный налог платить не требуется.