Уважаемая Ольга!
Следует отметить, что необходимо исходить из презумпции Вашей добросовестности, как налогоплательщика: 1) организация считается невиновной в совершении правонарушения, пока ее виновность не будет доказана в предусмотренном законом порядке;
2) организация, привлекаемая к ответственности, не обязана доказывать свою невиновность в совершении налогового правонарушения;
3) обязанность по доказыванию обстоятельств, свидетельствующих о факте правонарушения и виновности организации в его совершении, возлагается на ИФНС. Это прямо предусмотрено п. 6 ст. 108 Налогового кодекса РФ.
Кроме того, налоговое законодательство не обязывает организацию контролировать, как ее контрагенты сдают налоговую отчетность, и не устанавливает зависимости между действиями этих контрагентов и правом на вычет по НДС.
Вместе с тем, не зная всех подробностей Ваших взаимоотношений с контрагентом, сложно с точностью ответить на Ваш вопрос. Общее правило, которым руководствуются сотрудники налогового органа звучит так: нет сделки — нет налогового вычета, контрагент «фирма-однодневка» — нет налогового вычета.
Если Вам необходима квалифицированная юридическая помощь (составление возражения относительно акта налоговой проверки, представление Вашей организации в налоговых органах и т.д.) — напишите мне в чат.
С уважением, адвокат Адвокатской Палаты Санкт-Петербурга Штерн Сергей Борисович.