Стоит ли подписывать счет-фактуру при наличии сомнений?

Здравствуйте, Евгений.

Сложно ответить Вам что-то конкретное не видя документов.

В данном случае возможна (только возможна) следующая ситуация: помещение принадлежит на праве собственности ИП Петрову Е.В., он сдает его в аренду ИП Ивановой А.Е., а уже она заключила договор субаренды с Вами. Собственник помещения (ИП Петров Е.В.) выставляет счет-фактуру своему арендатору (ИП Ивановой А.Е.) на оговоренную с ним сумму. Вам же Иванова А.Е. сдает помещение за другие деньги. Вот и разница в суммах.

Подписывать что-либо не разобравшись в ситуации я бы Вам не советовала. Вообще, вопросы, касающиеся того, кому принадлежит помещение, на каком основании, имеются ли права на его передачу Вам, кто и когда выставляет Вам счета-фактуры и т.п. лучше всего включать в текст договора.

Обращаю Ваше внимание, что в соответствии с Гражданского кодекса РФ ИП Иванова А.Е. имела право сдать Вам помещение только при наличии согласия собственника (кем бы он ни был, хоть ИП Петров Е.В., хоть кто-то другой). Срок действия Вашего договора субаренды не может превышать срок договора аренды, заключенного между ИП Петровой Е.В. и собственником помещения.

ст. 615 Гражданского кодекса РФ
Арендатор вправе с согласия арендодателя сдавать арендованное имущество в субаренду (поднаем) и передавать свои права и обязанности по договору аренды другому лицу (перенаем), предоставлять арендованное имущество в безвозмездное пользование, а также отдавать арендные права в залог и вносить их в качестве вклада в уставный капитал хозяйственных товариществ и обществ или паевого взноса в производственный кооператив, если иное не установлено настоящим Кодексом, другим законом или иными правовыми актами. В указанных случаях, за исключением перенайма, ответственным по договору перед арендодателем остается арендатор.
Договор субаренды не может быть заключен на срок, превышающий срок договора аренды.