Александр, здравствуйте!
Налог с доходов от реализации Ваших долей платить не надо.
Есть множество разъяснений Минфина России относительно ситуации с реализацией имущества с разными сроками владения долями. Суть их сводится к тому, что право собственности считается возникшим именно в первоначальный момент, то есть с момента регистрации Вами права собственности на первую долю. Впоследствии (при получении наследства в 2014 году) происходит только увеличение объема Ваших прав в имуществе, а сама собственность остается прежней.
См., например, письма Минфина РФ от 19.03.2013 №03-04-05/7-243, от 14.03.2013 № 03-04-05/7-226, от 06.03.2013 №03-04-05/7-184, от 27.02.2013 № 03-04-05/9-149, от 09.02.2012 №03-04-05/9-144, от 07.02.2012 № 03-04-05/5-127, от 03.02.2012 № 03-04-05/5-111, от 01.02.2012 N 03-04-05/7-100, от 12.01.2012 № 03-04-05/5-3, от 16.12.2011 № 03-04-05/5-1057, от 15.12.2011 № 03-04-05/7-1045, от 13.12.2011 № 03-04-05/7-1033, от 29.11.2011 № 03-04-05/7-962, от 28.11.2011 № 03-04-05/5-950, от 28.11.2011 № 03-04-05/7-953, от 17.11.2011 № 03-04-05/7-902, от 15.11.2011 № 03-04-05/7-892, от 21.10.2011 № 03-04-05/5-773, от 21.10.2011 № 03-04-05/9-764 и т. д.
На настоящий момент этой позиции придерживается большинство налоговых органов. Хотя в отдельных регионах до сих пор сохраняется практика налогообложения доходов от продажи доли, которая находилась в собственности менее 3 лет.