Здравствуйте!
В вашей ситуации ключевое значение имеет не постановка автомобиля на учет в ГИБДД, а сам факт его приобретения как имущества в рамках вашей деятельности. То, что вы не регистрировали автомобиль, не освобождает от налоговых последствий при продаже.
Продать автомобиль вы вправе обычным договором купли-продажи. Закон не запрещает расчеты наличными, поэтому формально можно продать и за наличные. Однако как ИП вам важно учитывать, что это уже предпринимательская операция, и безопаснее проводить оплату через расчетный счет, чтобы не возникло вопросов у налоговой по поводу происхождения дохода и его учета.
Теперь по налогам. Если автомобиль был приобретен в рамках ИП (оплачен с расчетного счета, учтен в деятельности), то при продаже у вас возникает доход. С этого дохода нужно платить налог в зависимости от вашей системы налогообложения. При этом вы вправе уменьшить доход на сумму расходов на покупку автомобиля, то есть фактически налог платится с разницы между продажной и покупной ценой.
Сам факт того, что автомобиль не ставился на учет, на налогообложение не влияет — налоговая смотрит именно на движение денежных средств и экономическую суть операции.
Если же вы захотите оформить это как продажу физическим лицом (не через ИП), здесь есть риск: поскольку покупка уже прошла через расчетный счет ИП, налоговая с высокой вероятностью расценит продажу как предпринимательскую деятельность.
Практически правильный и безопасный вариант — оформить договор купли-продажи от ИП и принять оплату с отражением в учете (лучше безналично). Налог заплатить с разницы между покупкой и продажей.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!