Суд отказал в удовлетворении иска на основании заявлении ответчика о добровольном исполнении обязанностей перед истцом в период судебного производства, но до принятия определения?

Ключевой принцип: распределение судебных расходов
Прежде всего, важно разделить два понятия: взыскание госпошлины (как платежа в бюджет) и возмещение судебных расходов (как компенсация одной стороны другой). То, что истец (СФР) освобожден от уплаты госпошлины при подаче иска, не означает, что он освобожден от обязанности возместить ответчику понесенные тем расходы (например, на представителя), если ответчик фактически выиграл спор -3-5-7.

 
Случай 1: Отказ в удовлетворении иска в связи с добровольным погашением
В этой ситуации суд выносит решение об отказе в иске. С процессуальной точки зрения, истец (СФР) проиграл дело, даже если его требования были законны, но удовлетворены ответчиком после начала процесса.

Действия суда: Суд отказывает в удовлетворении иска. Причина отказа (добровольное исполнение) в данном случае не меняет того факта, что исковые требования не были удовлетворены судом, так как ответчик исполнил их сам.
Обязанность по госпошлине:

Пошлина в бюджет: Поскольку истец (СФР) освобожден от уплаты госпошлины, она не взыскивается в доход федерального бюджета. В общем случае, если бы истец не был освобожден от пошлины, при отказе в иске она бы взыскивалась с него. Однако здесь действует специальная норма: при отказе в иске государственному органу, освобожденному от уплаты пошлины, другой стороной пошлина не уплачивается -5.
Расходы ответчика: Это ключевой момент. Так как суд отказал истцу в иске, ответчик является выигравшей стороной. Следовательно, он имеет право требовать с истца (СФР) возмещения всех понесенных судебных издержек (расходы на представителя, почтовые расходы и т.д.) на основании ч. 1 ст. 110 АПК РФ -1-3.

Судебная практика однозначна: освобождение госоргана от уплаты госпошлины не освобождает его от обязанности компенсировать судебные расходы другой стороне, в пользу которой принят судебный акт -3-7.
Вывод по Случаю 1:

Суд: Отказывает в иске.
Госпошлина: Не взыскивается (из-за льготы истца).
Расходы ответчика: Взыскиваются с истца (СФР) в пользу ответчика, если ответчик подаст соответствующее заявление и докажет факт несения расходов (например, на юриста).
 
Случай 2: Отказ истца от иска в связи с добровольным погашением
Здесь истец (СФР) заявляет ходатайство об отказе от иска, так как цель обращения в суд достигнута — ответчик погасил долг. Суд принимает отказ и прекращает производство по делу (ст. 150 АПК РФ).

Действия суда: Выносится определение о прекращении производства по делу. В этом определении суд обязан разрешить вопрос о распределении судебных расходов (ч. 1 ст. 151 АПК РФ).
Обязанность по госпошлине:

Пошлина в бюджет: Как и в первом случае, госпошлина в бюджет не уплачивается, так как истец от нее освобожден.
Расходы ответчика: Здесь правила меняются в пользу истца. Если истец отказывается от иска по причине добровольного удовлетворения его требований ответчиком после подачи иска, то все судебные расходы (включая расходы ответчика) по общему правилу несет ответчик. Это следует из абз. 2 ч. 1 ст. 110 АПК РФ: в случае добровольного удовлетворения исковых требований после обращения истца в суд судебные расходы взыскиваются с ответчика.

Это логично: поведение ответчика (пусть и запоздалое) признается судом как фактический проигрыш спора, поэтому именно он должен компенсировать издержки, вызванные судебным разбирательством.
Вывод по Случаю 2:

Суд: Прекращает производство по делу.
Госпошлина: Не взыскивается.
Расходы ответчика: Ответчик несет их самостоятельно и не может требовать возмещения от истца (СФР), так как именно его добровольное погашение после подачи иска стало причиной прекращения спора.