У старшего есть отец, (он платит алименты), у младшего в графе отец стоит прочерк

Отмена пособий на детей вашей жены после вступления в брак с вами является законной и обоснованной. Это произошло из-за изменения критериев нуждаемости семьи. Ваш доход учитывается в составе общего дохода семьи, и, скорее всего, он превышает установленный законом прожиточный минимум на члена семьи, что лишает семью права на выплаты.

Для расчета пособий ключевым является факт совместного проживания и ведения общего хозяйства (членство в одной семье), а не наличие родственной связи или усыновления. Вы, как супруг матери детей, учитываетесь как член семьи.