В НК РФ нет каких-либо ограничений по этому поводу.
Предполагаю, что налоговики руководствовались по аналогии нормой ГК РФ, устанавливающий общий срок исковой давности в три года- срок, в пределах которого управомоченное лицо может воспользоваться своим правом.
В тоже время:
Письмо ФНС России от 23.06.2010 N ШС-20-3/885:
«При этом вопрос, за какие налоговые периоды налогоплательщик вправе выбирать вычет по расходам, действующими положениями пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса не урегулирован. Возможны следующие варианты его решения.
1. Налоговая база корректируется за любой налоговый период, в котором налогоплательщик получал доходы, облагаемые по ставке 13%, без применения каких-либо сроков давности.
2. С учетом положений ст. 78 Кодекса налоговая база корректируется не более чем за три налоговых периода, предшествующих календарному году, в котором налогоплательщик обратился за вычетом. Может также учитываться то обстоятельство, что расходы должны быть осуществлены до истечения первого налогового периода, за который подается декларация.
3. Налоговая база корректируется за любой налоговый период начиная с того, в котором у налогоплательщика возникло право на вычет.
Этот подход согласуется с положениями абз. 2 п. 2 Определения Конституционного Суда Российской Федерации от 20.10.2005 N 387-О»
Как видно, даже в практике ФНС России по этому вопросу не выработалась четкая позиция: так что можете обжаловать действия налоговиков- в вышестоящем органе или в суд.