Провел видимо через договор, я не знаю и впервые слышу об этом ООО

Добрый день!

Ваша ситуация требует детального разбора, но сразу успокою: штраф за незаконное предпринимательство вам не грозит, так как вы действовали в рамках трудовых отношений, а не самостоятельно оказывали услуги. Однако есть нюансы с налогами и возможными рисками для работодателя.

1. Почему штрафа за незаконное предпринимательство не будет?
Вы официально трудоустроены в ООО-1, получаете зарплату по трудовому договору, а не как самозанятая или ИП.
Перевод денег через другое ООО (ООО-2) – это проблема работодателя, а не ваша. Вы не заключали договор с ООО-2 и не оказывали ему услуг.
Незаконное предпринимательство (ст. 14.1 КоАП РФ) возникает, если вы самостоятельно ведете бизнес без регистрации (ИП/ООО). Здесь же вы – наемный работник.
2. Какие могут быть проблемы?
Для вас:
Налог на доходы (НДФЛ 13%) должен быть удержан и перечислен в бюджет. Если работодатель (ООО-1) не удержал налог с этой суммы, налоговая может доначислить его вам лично (ст. 226 НК РФ).
Страховые взносы (ПФР, ФОМС, ФСС) должны были быть уплачены. Если их нет – могут быть вопросы к работодателю, но не к вам.
Для работодателя (ООО-1 и ООО-2):
Налоговые риски:

Если ООО-1 не оформило эту выплату как зарплату (не начислило НДФЛ и взносы), налоговая может доначислить налоги + штрафы (ст. 123 НК РФ).
Если ООО-2 перевело деньги без основания (например, под видом договора услуг, который не реальный), это может быть расценено как необоснованная налоговая выгода (ст. 54.1 НК РФ).
Трудовые риски:

Если ООО-1 скрывает часть зарплаты (например, чтобы платить меньше налогов), это нарушение трудового законодательства (ст. 5.27 КоАП РФ).
3. Что вам делать?
Уточните у работодателя, как оформлен этот платеж:

Если это официальная зарплата – попросите документы (расчетный лист, чтобы убедиться, что НДФЛ удержан).
Если это неофициальная выплата – настаивайте на правильном оформлении через ООО-1.
Проверьте свои налоги:

Зайдите на личный кабинет ФНС (https://nalog.gov.ru) и проверьте, отражена ли эта сумма в справке 2-НДФЛ.
Если налог не удержан:

Вы можете самостоятельно декларировать доход (подать 3-НДФЛ до 30 апреля следующего года) и уплатить 13% (ст. 228 НК РФ).
Если работодатель отказывается пояснять:

Обратитесь в трудовую инспекцию или налоговую с запросом (анонимно, если боитесь давления).
Вывод
Вам не грозит штраф за предпринимательство, так как вы действовали как наемный работник.
Риски по налогам есть, но они решаемы (проверьте 2-НДФЛ, при необходимости подайте декларацию).
Главные проблемы у работодателя: если выплата неофициальная, ему грозят штрафы от налоговой.
Если смог быть полезен, оставьте + и отзыв, заранее спасибо!