Добрый день, такая ситуация в муниципальной квартире по договору соц найма были прописаны мама, я и мои дети, и брат

Как указано в ч. 3 статьи 83 Жилищного кодекса РФ:

3. В случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда, если иное не предусмотрено федеральным законом.

То есть брат считается расторгнувшим в отношении себя договор социального найма.

Я получила новое жильё по программе переселения из аварийного жилья и заключила новый договор соц найма. Имеет ли брат какие то права и может ли он прописаться туда без моего ведома по суду или администрацию

 В связи с изложенными выше нормами брат не может без Вашего согласия и согласия местной администрации (если квартира также в муниципальной собственности, не приватизирована) ни прописаться в новую квартиру (зарегистрироваться туда по месту жительства), ни вселиться в неё.

Тем более, что, насколько я понимаю, новая квартира была предоставлена только Вам и детям. То есть только тем лицам, которые были прописаны в прежней квартире на момент переселения и предоставления новой квартиры.