Добрый день!
Согласно п. 1 ст. 15.3 Федерального закона от 27.05.1998 N 76-ФЗ «О статусе военнослужащих»
Денежная компенсация за наем (поднаем) жилых помещений выплачивается ежемесячно за счет и в пределах средств федерального бюджета, выделяемых федеральному органу исполнительной власти или федеральному государственному органу, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба:
военнослужащим — гражданам, проходящим военную службу по контракту, и проживающим совместно с ними членам их семей
После расторжения брака, дети все равно остаются членами семьи военнослужащего.
Таким образом, поднаем скорее всего продолжат платить.