Подскажите, что можно сделать в этой ситуации?

Иногда ра­бо­тать на УСН по­лу­ча­ет­ся, даже когда уве­дом­ле­ние по­да­но с опоз­да­ни­ем. Воспользуйтесь советом ИФНС и подайте заявление о зачете применения УСН.

Если вы будете утверждать, что платите налог по УСН, ссы­ла­ясь на то, что пе­ре­ход на упро­щен­ку «доб­ро­воль­но-за­яви­тель­ный» и от­ка­зы­вать вам в при­ме­не­нии спец­ре­жи­ма на­ло­го­ви­ки не имеют пол­но­мо­чий, то вас, ско­рее всего, ждут до­на­чис­ле­ния по на­ло­гу на при­быль/НДФЛ и НДС, бло­ки­ров­ка сче­тов за непред­став­ле­ние «об­ще­ре­жим­ных» де­кла­ра­ций и про­чие непри­ят­но­сти (как в Вашем случае).

Кон­крет­ный срок, в ко­то­рый на­ло­го­ви­ки долж­ны на­пра­вить форму 26.2-5, не уста­нов­лен. Обыч­но они де­ла­ют это в те­че­ние 30 ка­лен­дар­ных дней после по­лу­че­ния от пла­тель­щи­ка уве­дом­ле­ния о пе­ре­хо­де на УСН. Это общий срок для от­ве­та на во­про­сы пла­тель­щи­ков. Но даже если со­об­ще­ние вам не на­пра­ви­ли вовсе, а вы уве­до­ми­ли о пе­ре­хо­де на УСН с опоз­да­ни­ем, в даль­ней­шем на­ло­го­ви­ки все равно могут оспо­рить пра­во­мер­ность при­ме­не­ния спец­ре­жи­ма.

Можно попытаться отстоять право на при­ме­не­ние УСН в суде, даже если уве­дом­ле­ние по­да­но несвое­вре­мен­но.

Если вы опоз­да­ли с уве­дом­ле­ни­ем, но ин­спек­ция пред­при­ня­ла ка­кие-то дей­ствия, ко­то­рые можно ис­тол­ко­вать как фак­ти­че­ское при­зна­ние пра­во­мер­но­сти при­ме­не­ния вами спец­ре­жи­ма, то ве­ли­ка ве­ро­ят­ность по­ло­жи­тель­но­го для Вас решения суда. На­при­мер, если после по­лу­че­ния от вас де­кла­ра­ции по УСН ин­спек­то­ры вы­ста­ви­ли тре­бо­ва­ние об упла­те недо­им­ки по «упро­щен­но­му» на­ло­гу. И никак не ре­а­ги­ро­ва­ли на то, что вы упла­чи­ва­ли аван­сы и налог по УСН и не сда­ва­ли де­кла­ра­ции по об­ще­му ре­жи­му.

В по­доб­ных слу­ча­ях, по мне­нию Верховного суда, на­ло­го­ви­ки утра­чи­ва­ют право ссы­лать­ся на по­ло­же­ния НК, за­пре­ща­ю­щие при­ме­не­ние УСН в от­сут­ствие свое­вре­мен­но по­дан­но­го уве­дом­ле­ния.

В то же время есть ре­ше­ния судов в поль­зу упро­щен­цев даже в си­ту­а­ции, когда уве­дом­ле­ние о пе­ре­хо­де на спец­ре­жим они на­прав­ля­ли через год после ре­ги­стра­ции в ответ на со­об­ще­ние ИФНС о том, что пла­тель­щи­ка­ми на­ло­га при УСН они не яв­ля­ют­ся. Если пла­тель­щик фак­ти­че­ски при­ме­нял упро­щен­ку без воз­ра­же­ний со сто­ро­ны на­ло­го­вой, то уже не имеет зна­че­ния, подал он уве­дом­ле­ние или нет.