Подскажите пожалуйста как подать заявление нотариусу, чтобы она рассматривала дело о наследстве не по гражданскому кодексу, а по ст.117 ч.12 Фед.закона?

Нотариусы руководствуются нормами ГК при оформлении наследства, а именно разделом Наследственное право,  начиная с принятия заявления от наследников о вступлении в наследство. 

А о каком ФЗ вы говорите ?  

 Статья 1153. Способы принятия наследства

1. Принятие наследства осуществляется подачей по месту открытия наследства нотариусу или уполномоченному в соответствии с законом выдавать свидетельства о праве на наследство должностному лицу заявления наследника о принятии наследства либо заявления наследника о выдаче свидетельства о праве на наследство.
Если заявление наследника передается нотариусу другим лицом или пересылается по почте, подпись наследника на заявлении должна быть засвидетельствована нотариусом, должностным лицом, уполномоченным совершать нотариальные действия (пункт 7 статьи 1125), или лицом, уполномоченным удостоверять доверенности в соответствии с пунктом 3 статьи 185.1 настоящего Кодекса.