Может ли его заключение использоваться в суде или там обратят внимание только на ОКВЭД компании, в которой он работает?

Здравствуйте, Екатерина!

Согласно ст. 55 АПК РФ специалистом в арбитражном суде является лицо, обладающее необходимыми знаниями по соответствующей специальности, осуществляющее консультации по касающимся рассматриваемого дела вопросам.

Поэтому определяющим для суда будет не ОКВЭД компании, а наличие соответствующего образования, опыта работы, дипломов и курсов и т.п.

Вместе с тем, суды, как правило, не очень сильно доверяют досудебным экспертизам и исследованиям, и назначают при рассмотрении дела судебную экспертизу.

Желаю удачи! 

Главное компетенции эксперта. Они прилагаются к заключению. Если их нет, то другая сторона на это обратит внимание. А суду в принципе это неважно. Ну не знаю, как в общей юрисдикции, но в Арбитраже это так. Если вопрос серьезный, то Вашу экспертизу могут и не принять (но не по мотивам, указанным Вами в вопросе) при наличии ходатайства другой стороны о назначении судебной экспертизы, что и происходит в арбитражных процессах при возражении ответчика по вопросам представленного вами исследования (это для суда не экспертиза, а мнение, по сути специалиста).