Подскажите пожалуйста мы купили квартиру в ипотеку, и внесли весь материнский капитал, как я поняла нужно выделить доли детям в течении полу года, если мы этого не сделаем что будет?

Здравствуйте! Действительно, обязанность по выделению долей у Вас есть,.

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

Но, поскольку Вы приобрели жильё с привлечением заёмных средств (ипотека), то выделять доли Вы должны уже после выплаты ипотеки, после снятия обременений.

То есть, если сейчас у Вас ипотека, квартира пока находится в залоге у банка. можете не переживать, А вот как погасите ипотеку, прекратите залог, тогда уже нужно будет доли выделить. 

Если своевременно доли не выделите, последствия могут быть даже в виде привлечения к уголовной ответственности.