Должен ли я платить налог с продажи квартиры?

Сергей, здравствуйте!
В данном случае, при перепланировки вносятся соответствующие сведения в технический паспорт жилого помещения.

За Вам собственность была зарегистрирована в 2003 году.

Минимальный срок владения до 2016 года, для освобождения от налогообложения, составлял 3 года.

Соответственно налог платить с продажи не нужно.

Статья 217.1 НК РФ
Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества
(введена Федеральным законом от 29.11.2014 N 382-ФЗ)

КонсультантПлюс: примечание.
П. 1 ст. 217.1 (в ред. ФЗ от 27.11.2018 N 424-ФЗ (ред. от 15.04.2019)) применяется физическими лицами, не являющимися налоговыми резидентами РФ, в отношении имущества вне зависимости от даты его приобретения.
1. Освобождение от налогообложения доходов, указанных в абзаце втором пункта 17.1 статьи 217 настоящего Кодекса, получаемых физическими лицами за соответствующий налоговый период, а также определение налоговой базы при продаже недвижимого имущества осуществляется с учетом особенностей, установленных настоящей статьей.
(в ред. Федерального закона от 27.11.2018 N 424-ФЗ)
2. Если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.
В целях настоящего пункта и пункта 3 настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, при исчислении минимального предельного срока владения продаваемыми жилым помещением или долей (долями) в нем в срок нахождения в собственности налогоплательщика этих жилого помещения или доли (долей) в нем включается срок нахождения в собственности такого налогоплательщика освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем.
(абзац введен Федеральным законом от 27.11.2017 N 352-ФЗ)
При исчислении минимального предельного срока владения жилым помещением или долей (долями) в нем, предоставленными налогоплательщику в собственность в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, применяются положения пункта 3 настоящей статьи в случае, если право собственности на освобожденные при реализации указанной программы жилое помещение или долю (доли) в нем было получено при соблюдении хотя бы одного из предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи условий.
(абзац введен Федеральным законом от 27.11.2017 N 352-ФЗ)
3. В целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:
1) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;
2) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в результате приватизации;
3) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком — плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением;
4) в собственности налогоплательщика (включая совместную собственность супругов) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданный объект недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее в настоящем подпункте — жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещение не находится иного жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение).
При этом в целях настоящего подпункта не учитывается жилое помещение (доля в праве собственности на жилое помещение), приобретенное (приобретенная) в собственность налогоплательщика и (или) его супруга (супруги) в течение 90 календарных дней до даты государственной регистрации перехода права собственности на проданное жилое помещение (проданную долю в праве собственности на жилое помещение) от налогоплательщика к покупателю.
При соблюдении установленных настоящим подпунктом условий в отношении жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение) положения настоящего пункта распространяются на земельный участок, на котором расположено такое жилое помещение (долю в праве собственности на земельный участок, связанную с долей в праве собственности на такое жилое помещение), и расположенные на указанном земельном участке хозяйственные строения и (или) сооружения.
(пп. 4 введен Федеральным законом от 26.07.2019 N 210-ФЗ)
4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.
5. Утратил силу с 1 января 2020 года. — Федеральный закон от 29.09.2019 N 325-ФЗ.
6. Законом субъекта Российской Федерации вплоть до нуля для всех или отдельных категорий налогоплательщиков и (или) объектов недвижимого имущества может быть уменьшен:
1) минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества, указанный в пункте 4 настоящей статьи;
2) размер понижающего коэффициента, указанного в статье 214.10 настоящего Кодекса.
(в ред. Федерального закона от 29.09.2019 N 325-ФЗ)