Должны ли мы платить 0,3 % от кадастровой стоимости недвижимости?

Здравствуйте!

Вероятно, нотариус руководствуется вот этой нормой

Статья 333.38. Льготы при обращении за совершением нотариальных действий
 
От уплаты государственной пошлины за совершение нотариальных действий освобождаются:

5) физические лица — за выдачу свидетельств о праве на наследство при наследовании:
жилого дома, а также земельного участка, на котором расположен жилой дом, квартиры, комнаты или долей в указанном недвижимом имуществе, если эти лица проживали совместно с наследодателем на день смерти наследодателя и продолжают проживать в этом доме (этой квартире, комнате) после его смерти;

Но она действительно предполагает освобождение от уплаты госпошлины лишь при совместном проживании в наследуемом доме вместе с наследодателем.

Вы, конечно, вправе обжаловать такой отказ, но при такой формулировке шансы невысоки.