Добрый день.
Судебная практика в этом вопросе на стороне налогоплательщиков. В
Определении КС РФ от 29.03.2016 № 460-О суд придерживается позиции, что если
упрощенец выставляет счет-фактуру с НДС, он обязан заплатить его в бюджет, а
значит покупатель имеет право принять к вычету эту сумму, ведь это не наносит
урона бюджету. Но у Минфина и ФНС другая позиция. Они считают, что поскольку
счет-фактуру выставил упрощенец, который не является плательщиком НДС, то
принимать его к вычету нельзя (Письмо Минфина от 05.10.2015 №03-07-11/56700).
Вашему контрагенту с большой долей вероятности придется судиться с
налоговиками.
С 2016г. НДС, который Вы заплатили на основании выставленного
счета-фактуры, в базу по УСН включаться не будет. То есть доход
определяется как цена продаж за минусом уплаченного НДС.
Таким образом, вам как продавцу на УСН сумму НДС,
которую Вы выделили в счете-фактуре и перечислили в бюджет, не нужно
учитывать при расчете УСН ни в доходах, ни в расходах (отражать данную операцию
в КУДИР не нужно).
Помимо уплаты налога в случае выставления счета-фактуры Вы должны
будете подать декларацию по НДС. Для рассматриваемой ситуации полностью отчет
не заполняется, оформить нужно будет лишь титульный лист и раздел 1 «Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет (возмещению из бюджета), по данным
налогоплательщика». Срок подачи декларации по НДС в данном случае такой
же, как и у плательщиков этого налога на общем режиме — 25 число месяца,
следующего за окончанием квартала. На данный момент отчетность по НДС принимают
только в электронном виде. Однако систематическое выставление НДС вызовет
вопросы у контролеров, в конце концов они могут предложить перейти на ОСНО с начала года.