Марина, здравствуйте!
Да, бывшему мужу придется выделить долю по материнскому капиталу, потому что МСК не относится к собственным средствам-это меры государственной поддержки. Квартира куплена до брака, является вашим личным имуществом, но МСК вы использовали в браке.
Именно поэтому ваш бывший муж имеет право на обязательную долю в квартире. Да, она будет минимальная (соразмерно сумме маткапитала на количество членов семьи).
С 2016 года отказаться от доли по МСК нельзя, необходимо ее принять, а потом можно распорядиться по своему усмотрению.
Если после погашения ипотеки на момент выделения долей по МСК состав вашей семьи изменится, например вы будете в новом браке и ваш новый супруг будет являться отцом вашего ребенка, то ему тоже будет положена доля в квартире по МСК, всем детям, плюс бывшему мужу.
Но! Опять же, если на момент перечисления ПФ материнского капитала вы состояли в браке, то могут потребовать и на бывшего супруга оформить долю в квартире. Нужно смотреть когда были перечислены деньги материнского капитала. это важно.