Нужно ли при данных обстоятельствах платить налог?

Варианты такие:

1. имущественный вычет 1млн. от суммы сделки, т.е. в Вашем случае налог будет 13% от 900 тыс.;

2. Вместо применения имущественного вычета налогоплательщик имеет право уменьшить величину дохода, полученного от продажи имущества, на фактически произведённые и документально подтверждённые расходы, непосредственно связанные с приобретением этого имущества. В определенных ситуациях это может быть выгоднее, чем применять имущественный вычет.

3. В случае, если доход от продажи объекта недвижимого имущества существенно ниже его реальной стоимости (ниже чем 70% от кадастровой стоимости этого объекта на 1 января года продажи), то в целях налогообложения такие доходы налогоплательщика принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта, умноженной на коэффициент 0,7.