Здравствуйте, Татьяна.
Согласно ч.4 ст.29 ГПК РФ Иски о расторжении брака могут предъявляться также в суд по месту жительства истца в случаях, если при нем находится несовершеннолетний или по состоянию здоровья выезд истца к месту жительства ответчика представляется для него затруднительным.
Таким образом, отказ суда в принятии искового заявления правомерен.
В случае, если Вы имеете несовершеннолетнего ребенка, просто прикладываете свидетельство о рождении ребенка и вновь подаете в суд по месту Вашего жительства. В противном случае, Вам нужно будет подать иск по месту жительства мужа (прописке). Чтобы не ехать в Москву, исковое заявление Вы можете направить через Почту России, а в дальнейшем на сайте суда, Вы можете через обращения граждан направлять заявления о рассмотрении дела без Вашего участия в связи с отдаленностью места Вашего жительства.
На Ваш второй вопрос — госпошлина составляет 600 руб. (пп.5 п.1 ст.333.19 Налогового кодекса РФ).