Лариса, здравствуйте, в данной ситуации нотариус поступил верно, поскольку, согласно ст.1150 ГК РФ:
Принадлежащее пережившему супругу наследодателя в силу завещания или закона право наследования не умаляет его права на часть имущества, нажитого во время брака с наследодателем и являющегося их совместной собственностью. Доля умершего супруга в этом имуществе, определяемая в соответствии со статьей 256 настоящего Кодекса, входит в состав наследства и переходит к наследникам в соответствии с правилами, установленными настоящим Кодексом.
в свою очередь, согласно ст. 39 СК РФ, при разделе общего имущества супругов и определении долей в этом имуществе доли супругов признаются равными, если иное не предусмотрено договором между супругами, кроме того согласно ст. 34 СК РФ: имущество, нажитое супругами во время брака, является их совместной собственностью, в том числе: недвижимое и движимое имущество, ценные бумаги, паи, вклады, доли в капитале, внесенные в кредитные учреждения или в иные коммерческие организации, независимо от того, на имя кого из супругов оно приобретено либо на имя кого или кем из супругов внесены денежные средства (Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 05.11.1998 N 15 (ред. от 06.02.2007) «О применении судами законодательства при рассмотрении дел о расторжении брака»), таким образом, 50% от всего имущества является собственностью жены Вашего сына и не может быть включена в наследственную массу (Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29.05.2012 N 9 «О судебной практике по делам о наследовании»), если у Вас остались вопросы, задавайте, с радостью отвечу. Также вы можете написать мне в чате и заказать персональную консультацию или подготовку документа по вашему вопросу. Всего доброго!