Как закрыть ООО, если у него висит долг перед двумя учредителями?

Здравствуйте, Михаил. В таком случае, если у компании больше нет задолженности, то соблюдая требования закона (ст. 61-64.1 ГК РФ), просто проведите процедуру ликвидации далее. На всякий случай обязанности лиц принявших решение о ликвидации:

Ст. 62 ГК РФ. 

1. Учредители (участники) юридического лица или орган, принявшие решение о ликвидации юридического лица, в течение трех рабочих дней после даты принятия данного решения обязаны сообщить в письменной форме об этом в уполномоченный государственный орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, для внесения в единый государственный реестр юридических лиц записи о том, что юридическое лицо находится в процессе ликвидации, а также опубликовать сведения о принятии данного решения в порядке, установленном законом.
2. Учредители (участники) юридического лица независимо от оснований, по которым принято решение о его ликвидации, в том числе в случае фактического прекращения деятельности юридического лица, обязаны совершить за счет имущества юридического лица действия по ликвидации юридического лица. При недостаточности имущества юридического лица учредители (участники) юридического лица обязаны совершить указанные действия солидарно за свой счет.
3. Учредители (участники) юридического лица или орган, принявшие решение о ликвидации юридического лица, назначают ликвидационную комиссию (ликвидатора) и устанавливают порядок и сроки ликвидации в соответствии с законом.
4. С момента назначения ликвидационной комиссии к ней переходят полномочия по управлению делами юридического лица. Ликвидационная комиссия от имени ликвидируемого юридического лица выступает в суде. Ликвидационная комиссия обязана действовать добросовестно и разумно в интересах ликвидируемого юридического лица, а также его кредиторов.
Если ликвидационной комиссией установлена недостаточность имущества юридического лица для удовлетворения всех требований кредиторов, дальнейшая ликвидация юридического лица может осуществляться только в порядке, установленном законодательством о несостоятельности (банкротстве).
5. В случае неисполнения или ненадлежащего исполнения учредителями (участниками) юридического лица обязанностей по его ликвидации заинтересованное лицо или уполномоченный государственный орган вправе потребовать в судебном порядке ликвидации юридического лица и назначения для этого арбитражного управляющего.
6. При невозможности ликвидации юридического лица ввиду отсутствия средств на расходы, необходимые для его ликвидации, и невозможности возложить эти расходы на его учредителей (участников) юридическое лицо подлежит исключению из единого государственного реестра юридических лиц в порядке, установленном законом о государственной регистрации юридических лиц.