Что касается ИП:
ИП должен платить 6 % от стоимостью проданной квартиры.
Согласно пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ имущественный налоговый вычет предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 1 000 000 руб., а также в размере доходов, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества (за исключением ценных бумаг), находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 250 000 руб.
Однако в пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ указано, что положения данной статьи не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.
Хотя есть и другое мнение на сей счёт.
В случае если индивидуальный предприниматель, применяющий упрощенную систему, прекратил использовать собственное недвижимое имущество в предпринимательской деятельности и продал его, то доходы, полученные от реализации недвижимого имущества, не используемого в предпринимательской деятельности, не учитываются для целей исчисления налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы.
{Вопрос: О порядке налогообложения доходов, полученных индивидуальным
предпринимателем, применяющим УСН, от деятельности по сдаче внаем собственного недвижимого имущества; о порядке налогообложения НДФЛ и праве на получение имущественного вычета в отношении дохода, полученного предпринимателем в случае продажи указанного недвижимого имущества; о порядке получения льготы по налогу на имущество физических лиц. (Письмо ФНС РФ от 19.08.2009 N 3-5-04/1290@)
