Здравствуйте, Оксана.
В ст. 217 НК РФ указаны виды доходов, не подлежащие обложению (освобождаемые от обложения) НДФЛ. В соответствии с п. 8 данной статьи не подлежат обложению НДФЛ суммы единовременных выплат (в том числе в виде материальной помощи), осуществляемых работодателями членам семьи умершего работника, бывшего работника, вышедшего на пенсию, или работнику, бывшему работнику, вышедшему на пенсию, в связи со смертью члена (членов) его семьи.
В НК РФ не ограничен размер материальной помощи в связи со смертью, поэтому НДФЛ не облагается вся сумма мат. помощи.
Дополнительно отмечаю, что п.28 ст.217 НК РФ ограничивающийй необлагаемый доход 4000 руб. к случаю выплаты материальной помощи по случаю смерти не относится. То есть материальная помощь не облагается в полном объеме.
Оксана, рекомендую Вам составить ответное письмо в налоговую со ссылкой на вышеприведенную мною норму.