Здравствуйте, Наталья!
То обстоятельство, что Ваш муж не зарегистрирован в квартире отца, никак не лишает его права на наследство. Ну, если только отец не составит завещание на дочь.
Если не будет завещания, то наследование будет по закону, который устанавливает круг наследников первой очереди — родители, дети и супруг (ст. 1142 ГК РФ)
Ваш муж и его сестра являются детьми наследодателя. Супруги нет. Значит, наследование будет в равных долях.
Единственное, что негативно в отсутствии регистрации в наследуемой квартире (доли в квартире), — это то, что госпошлину придется платить за получение свидетельства.
Так, в силу положений ч. 22) п. 1 ст. 333.24 НК РФ
22) за выдачу свидетельства о праве на наследство по закону и по завещанию:
детям, в том числе усыновленным, супругу, родителям, полнородным братьям и
сестрам наследодателя — 0,3 процента стоимости наследуемого имущества,
но не более 100 000 рублей;
другим наследникам — 0,6 процента стоимости наследуемого имущества, но не более 1 000 000 рублей;
А вот правила ст. 333. 38 НК РФ определяют, что освобождены от уплаты госпошлины
5) физические лица — за выдачу свидетельств о праве на наследство при наследовании:
жилого дома, а также земельного участка, на котором расположен жилой дом,
квартиры, комнаты или долей в указанном недвижимом имуществе, если эти
лица проживали совместно с наследодателем на день смерти наследодателя и
продолжают проживать в этом доме (этой квартире, комнате) после его
смерти;
Но по сути — госпошлину муж уж как-то оплатит. Главное, чтобы сестра не убедила отца квартиру только на неё завещать.
Удачи!