Здравствуйте, Алексей.
Выйти не сможете, т.к. общество (в лице директора) должно получить ваши заявления, а если директора нет, никто эти заявления не получит. При этом заявителем у нотариуса и в налоговой в вашем случае должен быть генеральный директор. Поэтому тут никак.
Если рассмотреть продажу доли (если вы найдете кого-нибудь, кто захочет эти доли купить), заявителями являются продавцы. НО! В случае с нотариальной продажей нужен будет нотариальный отказ Общества от приобретения долей (подписывает его опять же генеральный директор), а при сделке по преимущественному праву нужно, чтобы ваши оферты приняло общество в лице директора. Тут никак...
Остается одно: сменить генерального директора. Учредительные документы, надеюсь, у вас, или у пропавшего третьего участника-директора? Какая доля у третьего участника? Каким числом голосов по уставу вы можете принять решение о смене директора? Если ваших голосов хватит, ищите нового генерального, оформляйте решение общего собрания участников у нотариуса без присутствия третьего участника, меняйте директора. А потом хоть выход, хоть продажа.