Сомнения налоговой в правильности размера выплаченного налога

Добрый день. Да, никакие. Если только вы или покупатель «не признаетесь», что продали на самом деле за 100 млн. руб. иначе никак налоговая не докажет, что цена занижена.
Общение с налоговой идет в письменной или устной форме? Если в устной, то попросите их изложить все свои возражения и требования на бумаге и выслать вам почтой.
После этого пишите им ответ, что так и так, деньги нужны были срочно, квартира была в ужасном состоянии — плесень на стенах, паркет вспучен от сырости и т.п., поэтому и продали по цене ниже рыночной.
Именно для того, чтобы хоть как-то бороться с занижением цены (ведь многие поставят в договоре КП 1 млн. руб. и налог не платят), со следующего года налог будет определятся исходя из кадастровой стоимости, и если продажная стоимость меньше, то платите налог с КС. Сделано как раз за тем, что нет сейчас у налоговой рычагов для воздействия на продавцов и покупателей, чтобы они цену не занижали в договоре. И доказать ее недостоверность они никак не могут.