Прошу помочь, как действовать а такой ситуации?

Если он не офицер, то в силу Приказа Министра обороны РФ от 07.04.2015 N 185 (если идет речь о ВС РФ)

 Кандидаты из числа военнослужащих, соответствующие требованиям, установленным пунктами 45 — 48 настоящего Порядка,направляются в вузы командирами воинских частей для участия в учебных сборах по подготовке к прохождению профессионального отбора и последующего прохождения профессионального отбора независимо от получения воинской частью решения приемной комиссии вуза о допуске к профессиональному отбору

Поэтому командир не вправе запретить ему поступление и если военнослужащим подан такой рапорт он обязан его направить в ВУЗ в срок указанный в п. 62 данного Приказа.

Если он отказывает в этом, то есть смысл обжалования действия в порядке гл. 22 КАС РФ в гарнизонный суд.

Приказ 185 во вложении

А если он офицер, тут будет сложнее.

В силу данного Приказа

23. Предварительный отбор кандидатов из числа офицеров проводится на конкурсной основе в соответствии с частными планами предварительного отбора и с учетом результатов их служебной деятельности, а также оценок по предметам профессионально-должностной подготовки.
Аттестационная комиссия воинской части рассматривает кандидатов из числа офицеров и представляет их списки с оценочными ведомостями по предметам профессионально-должностной подготовки на утверждение командиру воинской части.

Как сами понимаете — тут влияние командира части на аттестационную комиссию может быть решающим.

И комиссия может просто не рекомендовать его к поступлению и обжалование может ничего не дать