Обращаюсь к вам за консультацией по следующему вопросу: во время зимней сессии мои оценки были поставлены на "хорошо", в результате чего я был лишен повышенной стипендии

Здравствуйте.

1. Да, если предыдущие результаты (с отметками «хорошо») были аннулированы комиссией, Вы имеете право на получение тех средств, которые были удержаны ввиду этих отмененных отметок. Предыдущие результаты отменены и юридически никаких юридических последствий сейчас влечь не могут. Поэтому те средства, которые учебное заведение Вам не доплатило, являются неосновательным обогащением для него.

Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.

Статья 1102 ГК РФ.

Полагаю, Вы ведете речь о высшем учебном заведении? Тогда действует Приказ Министерства образования и науки РФ от 29 июня 2015 г. № 636 «Об утверждении Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам высшего образования — программам бакалавриата, программам специалитета и программам магистратуры»:

При рассмотрении апелляции о несогласии с результатами государственного аттестационного испытания апелляционная комиссия выносит одно из следующих решений:

об отклонении апелляции и сохранении результата государственного аттестационного испытания;

об удовлетворении апелляции и выставлении иного результата государственного аттестационного испытания.

Решение апелляционной комиссии не позднее следующего рабочего дня передается в государственную экзаменационную комиссию. Решение апелляционной комиссии является основанием для аннулирования ранее выставленного результата государственного аттестационного испытания и выставления нового.

То есть происходит полноценное аннулирование предыдущего результата, и, повторюсь, поэтому он не имеет юридической силы.

2. Что касается рекомендаций. Для начала обратитесь в соц. отдел с заявлением. Если не поможет — в деканат или к руководителю учебного заведения с заявлением. Если и это не поможет, можете обратиться  с жалобой в Прокуратуру, Рособрнадзор.

Добрый день! Порядок назначения и выплаты стипендии установлен 

 Приказом Министерства образования и науки РФ от 27 декабря 2016 г. N 1663https://docs.cntd.ru/document/420390194

Претенденты на повышенную стипендию должны соответствовать п.7-11 Приказа:

https://docs.cntd.ru/document/420390194?marker=7DE0K8, в частности при 

а) получение студентом в течение не менее 2-х следующих друг за другом промежуточных аттестаций, предшествующих назначению повышенной государственной академической стипендии, только оценок «отлично»;

Однако

В случае наличия в течение года, предшествующего назначению повышенной государственной академической стипендии, пересдачи экзамена (зачета) по неуважительной причине повышенная государственная академическая стипендия за достижения студента в учебной деятельности в соответствии с критерием, указанным в подпункте «а» пункта 7 настоящего Порядка, не назначается.

во время зимней сессии мои оценки были поставлены на «хорошо», в результате чего я был лишен повышенной стипендии.

пересдачи экзамена (зачета) по неуважительной причине 

Надо выяснить — если причина пересдачи экзамена была уважительной, то стипендию назначат. 

«Неуважительная причина» пересдачи, это, как правило, неявка на экзамен.

Ведь оценка «отлично», которую Вы получили, стоит в зачетной книжке, указывает на отличное знание предмета.

Здравствуйте!

Да, Вы имеете право на возврат повышенной степендии за период, когда по результатам апелляции Вам неправомерно поставили оценку хорошо"

Решение апелляционной комиссии является основанием для аннулирования ранее выставленного результата государственного экзамена и выставления нового.

Однако, я успешно пересдал сессию с отличными результатами через 2 месяца путем подачи апелляционной жалобы.

Если новый результат у Вас по итогам  рассмотрении апелляционной жалобы, то тот результат  оценка «хорошо» аннулируется

55. При рассмотрении апелляции о несогласии с результатами государственного экзамена апелляционная комиссия выносит одно из следующих решений:

об удовлетворении апелляции и выставлении иного результата государственного экзамена.

56. Решение апелляционной комиссии является окончательным и пересмотру не подлежит.