Как вернуть деньги без органов опеки

К попечителям тоже относится. Если бы указанные суммы на счете были бы его зарплатой, личными взносами, вознаграждением то разрешения органов опеки не требовалось бы в данном случае.

Согласно ч.2  ст. 26 ГК РФ

2. Несовершеннолетние в возрасте от четырнадцати до восемнадцати лет вправе самостоятельно, без согласия родителей, усыновителей и попечителя:

 
1) распоряжаться своими заработком, стипендией и иными доходами;

2) осуществлять права автора произведения науки, литературы или искусства, изобретения или иного охраняемого законом результата своей интеллектуальной деятельности;

 
3) в соответствии с законом вносить вклады в кредитные организации и распоряжаться ими

А так как перечисление было именно с Вашей карты, то в этом загвоздка. Так как поступление от третьего лица. 

Если именно сын пополнил вклад со своей карты, внеся именно со своего счета денежные средства на вклад( Вы пишите, что она через онлай приложение открыл вклад на 3 месяца. В своем приложении, на свое имя, и перевел туда денежные средства) то можно  на этом основании написать претензию в банк от имени сына, с просьбой перевести указанные денежные средства обратно на его счет с вклада.