Может ли экспедитор взять сч фактуру к вычету напрямую оплатив за ГСМ вместо перевозчика?

Здравствуйте, Светлана!

Можем ли мы заключить такой договор с нашим перевозчиком, чтобы поставщику за топливо оплачивать самим напрямую и сч фактуру этого поставщика за полученное топливо брать к вычету. А остаток фрахта (за минусом расхода на топливо) оплачивать перевозчику.

Можете. Вы применяете ОСНО, а значит должны выставлять своим заказчикам счета с НДС. При этом у вас есть все основания принимать «входной» НДС к вычету в общем порядке по ст.171-172 НК РФ.  

Кто будет нести затраты за ГСМ при перевозке — это вопрос исключительно договоренности. Поэтому, если в договоре с перевозчиком вы предусмотрите, что используется ваше сырье, то у вас будут все основания учитывать в расходах топливо и, соответственно, принимать НДС по нему к вычету.  

Здравствуйте, Светлана!

Полагаю, что так можно сделать в силу свободы договора.

Статья 421. Свобода договора
...

2. Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами. К договору, не предусмотренному законом или иными правовыми актами, при отсутствии признаков, указанных в пункте 3 настоящей статьи, правила об отдельных видах договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами, не применяются, что не исключает возможности применения правил об аналогии закона (пункт 1 статьи 6) к отдельным отношениям сторон по договору.

3. Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.

Никто не запрещает Вам с перевозчиком предусмотреть в договоре условие, что Вы оплачиваете ГСМ, а не сам перевозчик.

Тем более, что есть соответствующая диспозитивная норма в ГК РФ:

Статья 636. Обязанность арендатора по оплате расходов, связанных с коммерческой эксплуатацией транспортного средства

 
Если иное не предусмотрено договором аренды транспортного средства с экипажем, арендатор несет расходы, возникающие в связи с коммерческой эксплуатацией транспортного средства, в том числе расходы на оплату топлива и других расходуемых в процессе эксплуатации материалов и на оплату сборов.

С Уважением,
Олег Рябинин.