Если я должна отработать 3 года, а отработаю 2, то штраф уменьшается или остаётся таким же?

В таком случае к его регулированию применяется Постановление Правительства РФ от 13.10.2020 N 1681 «О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования», которым определен порядок и размер возмещаемых средств в случае неисполнения условий договора.

В части оснований взыскания штрафа действует ст. 71.1 ФЗ «Об образовании в РФ», согласно которой

6. В случаях неисполнения заказчиком целевого обучения обязательства по трудоустройству гражданина, принятого на целевое обучение в соответствии с частью 1 настоящей статьи,а гражданином обязательства по осуществлению трудовой деятельности в течение трех лет наряду с ответственностью, предусмотренной частями 5 и 6 статьи 56 настоящего Федерального закона, заказчик целевого обучения или гражданин, принятый на целевое обучение в соответствии с частью 1 настоящей статьи, выплачивает организации, осуществляющей образовательную деятельность, в которой обучался гражданин, штраф в размере расходов федерального бюджета, бюджета субъекта Российской Федерации или местного бюджета, осуществленных на обучение гражданина, который направляется на финансовое обеспечение образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования. 

Расчет размера штрафа по смыслу постановления Правительства РФ определяется следующим образом

если гражданин завершил освоение образовательной программы на условиях договора о целевом обучении и полностью или частично не исполнил обязательства по осуществлению трудовой деятельности, размер штрафа определяется в соответствии с нормативными затратами пропорционально доле неотработанного времени (дней) в пределах 3 лет;

Соответственно если Вы отработаете 2 года из трех — то размер штрафа будет уменьшен пропорционально отработанному времени. 

С учетом моего первого ответа выше, далее:

Согласно Постановления Правительства РФ от 13 октября 2020 года N 1681   «О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования» следует, что:

16. Договор о целевом обучении  может быть расторгнут по соглашению сторон договора о целевом обучении. -https://docs.cntd.ru/document/566027964

Т.е. по соглашению сторон договор целевого обучения также может быть расторгнут досрочно, но при этом в любом случае расходы понесенные на меры социальной поддержки., и штраф  в размере расходов бюджета на обучение предложат возвратить добровольно за фактическое время обучения, в случае отказа обратятся в суд.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учетом двух моих предыдущих ответов выше далее:

Что касается в общем трудового законодательства РФ, то заставить Вас трудиться и устраиваться, никто не вправе, принудительный труд запрещен есть только право на труд.

ТК РФ Статья 3. Запрещение дискриминации в сфере труда
 

Каждый имеет равные возможности для реализации своих трудовых прав.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/0d18caafb87d28222d0cb617c21634cc407ee0f5/

ТК РФ Статья 4. Запрещение принудительного труда

Принудительный труд запрещен.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/0e04407d9a52ecc831392fca4970dbf2b38beee2/

Т.е. в рамках трудового законодательства это для Вас не может повлечь каких-либо негативных последствий, это Ваше право на выбор места работы.

Вопрос в другом, какие последствия для Вас это повлечет  по другому договору, т.е. договору целевого обучения, на который распространяются иные положения федерального законодательства регулирующего сферу образования, то что я привел выше в своем ответе.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.