Нужно ли оформлять спецпропуск иногородним, если он прописан в Башкирии?

Здравствуйте.

В соответствии с законодательством Российской Федерации Вы можете (более того, предполагается, что обязаны) отправиться в место постоянного проживания. 

При этом готовьтесь, что должностные лица на местах не всегда это понимают, поэтому ссылайтесь на то, что Вы следуете именно домой и показывайте отметку о регистрационном учете в паспорте, и желательно при въезде в регион оформлять электронный пропуск. 

Удачи.