Может ли главный инженер одного ООО работать в другом ООО генеральным директором?

Ограничений на такого рода совмещение трудовой кодекс России не содержит. Так, что ответ: да, может.

Ст. 60.1. Трудового кодекса гласит: "Работник имеет право заключать трудовые договоры о выполнении в свободное от основной работы время другой регулярной оплачиваемой работы у того же работодателя (внутреннее совместительство) и (или) у другого работодателя (внешнее совместительство)." А ст. 282 Трудового кодексадополняет: "Заключение трудовых договоров о работе по совместительству допускается с неограниченным числом работодателей".

Более того, работник не обязан как-бы то ни было извещать работодателя о факте своего устройства на работу по совместительству к другому работодателю.