Протокол разногласий к дополнительному соглашению

Здравствуйте, Помогите пожалуйста разобраться в следующей ситуации.

Заключен договор с организацией, по которому мы Исполнитель, а другая сторона Заказчик. К данному договору нами было составлено дополнительное соглашение в котором были внесены изменения по нескольким пунктам договора, одним из которых было изменение тарифа на услуги(возможность увеличения тарифа предусмотрена договором),и еще несколько существенных для нас условий. Вернули его нам с протоколом разногласий по некоторым пунктам,мы в ответ им протокол урегулирования разногласий. Который их опять таки не устраивает, чувствую это на долго, т.к вопрос принципиальный для обеих сторон.Пункт увеличения тарифа устраивает обе стороны, и никем не оспаривается.

Вопрос в следующем: Можем ли мы выставлять счет им по новой цене? Вступили ли в силу пункты доп.соглашения не оспариваемые сторонами? или же до того момента пока мы не договоримся по всем пунктам доп.соглашение не применяем