Сдаю коммерческую недвижимость в аренду, установили в договоре стоимость аренды, после проверки налоговая

ссылйтесь на свободу договора:

Свобода договора (принцип свободы договора) — одно из фундаментальных положений гражданского законодательства России. Он закреплён в статье 421 Гражданского кодекса РФ (ГК РФ). suvorov.legalzakonrf.infosudact.ru
Принцип позволяет сторонам самостоятельно решать, заключать ли договор, с кем его заключать и на каких условиях, если это не противоречит закону. 

Основные положения
 
Свобода договора проявляется в нескольких аспектах:
Свобода в заключении договора — никто не может быть принуждён к заключению договора, кроме случаев, прямо установленных законом (например, публичный договор).
Свобода выбора контрагента — лицо вправе самостоятельно определить, с кем заключить договор. 
Свобода выбора условий — стороны вправе определять содержание условий договора по своему в том числе его цены, усмотрению, кроме случаев, когда содержание условия предписано законом. 
Свобода в выборе формы договора — с соблюдением установленных требований закона. 
Свобода в определении типа договора — заключение смешанных договоров, а также договоров, не предусмотренных ГК РФ, но соответствующих общим принципам. 

Ограничения
 
Свобода договора не абсолютна. Некоторые ограничения, направленные на защиту публичных интересов и слабой стороны договора:
Обязательные условия договора — некоторые условия установлены законом и не могут быть изменены соглашением сторон.
Запрет на злоупотребление правом — сторонам запрещается включать в договор условия, нарушающие принципы добросовестности и разумности.
Ограничение по публичному порядку — договор не может противоречить основам правопорядка и нравственности.
Принудительное заключение договора — законодательство предусматривает случаи, когда стороны обязаны заключить договор, даже если одна из них не выражает такой воли.

Сдаю коммерческую недвижимость в аренду, установили в договоре стоимость аренды, после проверки налоговая говорит что цена занижена мол по региону на такую недвижимость другая цена и значит вы уходите от налогов это законные требования и как поступить. 

 Добрый день! Тут зависит какой налоговой режим у Вас, как именно «говорит» налоговая — письменно, устно? Тут в любом случае вопрос расчета налогов что можно сделать вообще не меняя условия договора, но повторюсь надо больше информации.