Согласно договора подряда нам был выплачен аванс, а после окончания работ ( так прописано в договоре) выплачен остаток

Вас просят вернуть деньги через три года после полной оплаты выполненных услуг.

Что делать:

Ничего не возвращайте.
Запросите письменное обоснование: Потребуйте от фирмы официальное письмо с конкретным юридическим обоснованием их требования вернуть деньги (на каком основании они считают оплату неправомерной).
Ссылайтесь на договор и оплату: Ответьте письменно, что по договору оплата остатка произведена после окончания работ, что является подтверждением их выполнения и принятия.
Срок исковой давности: Отметьте, что их требование о возврате денег спустя три года может быть за пределами срока исковой давности (3 года).
Соберите доказательства: Несмотря на отсутствие актов, найдите любые другие доказательства выполнения работ: переписка (почта, мессенджеры), фото/видео с объекта, накладные на материалы, оплата субподрядчикам, показания свидетелей.
Консультация с юристом: Незамедлительно обратитесь к юристу по договорному праву. Вероятно, фирма пытается воспользоваться отсутствием у вас актов. Юрист поможет оценить их требования, выстроить защиту и подготовиться к возможному суду.
Важно: Факт оплаты остатка после выполнения работ является серьезным аргументом в вашу пользу, так как подразумевает приемку.

 через три года эта фирма письменно просит нас вернуть оплаченную за наши выполненные услуги деньги назад.

Здравствуйте!

Вам компания направила письменную претензию?

1. Ничего не возвращайте, поскольку вы исполнили свои обязательства надлежащим образом (статья 309 ГК РФ)

2. Если есть письменная претензия на неё желательно подготовить ответ

3.Все остальные моменты по вашей ситуации, могут быть детально разобраны в рамках отдельной платной  консультации. Если вам потребуется более подробная персональная консультация по вашей ситуации, напишите мне в чат.