Может ли на апелляции срок уменьшить?

Может и уменьшит, может и повысить, но по практике, если Вы признали вину о 5 до 5,5 дают, попробовать я думаю стоит, но скорее всего апелляция оставит приговор без изменения. 

УК РФ Статья 337. Самовольное оставление части или места службы
 

 
1. Самовольное оставление части или места службы, а равно неявка в срок без уважительных причин на службу при увольнении из части, при назначении, переводе, из командировки, отпуска или медицинской организации продолжительностью свыше двух суток, но не более десяти суток, совершенные военнослужащим, проходящим военную службу по призыву, -

наказываются арестом на срок до шести месяцев или содержанием в дисциплинарной воинской части на срок до одного года.

 5. Самовольное оставление части или места службы, а равно неявка в срок без уважительных причин на службу продолжительностью свыше одного месяца, совершенные военнослужащим, проходящим военную службу по призыву или по контракту, в период мобилизации или военного положения, в военное время либо в условиях вооруженного конфликта или ведения боевых действий, -

наказываются лишением свободы на срок от пяти до десяти лет.

Примечания. 1. Военнослужащий, впервые совершивший деяния, предусмотренные частями первой, второй, третьей или четвертой настоящей статьи, может быть освобожден от уголовной ответственности, если самовольное оставление части или места службы, а равно неявка в срок без уважительных причин на службу явились следствием стечения тяжелых обстоятельств.

2. Граждане, пребывающие в запасе, во время прохождения ими военных сборов несут уголовную ответственность за совершение преступлений, предусмотренных настоящей статьей, которая установлена для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту