Налоговая выставила требование, что комиссию Яндекса (агента) мы таксопарк (принципал) должны включать в свои доходы и платить с них УСН 6 %, у нас доходы?

Добрый день ув. Лилия. Для понимания вопроса — нужно посмотреть Ваш договор с Яндеком. 

В общем случае если у Вашей организации  объектом налогообложения являются доходы, то налогооблагаемой  базой признается денежное выражение доходов организации или индивидуального предпринимателя (п. 1 ст. 346.18 НК РФ).

Вознаграждения Агента получается внутри ваших доходов, даже если денежные средства он оставляет сам. 

Ваш доход будет агентское вознаграждение + деньги которые Вам перечислил агент — с этого Вы и заплатите 6%.

Но вообще нужно смотреть договор.