Как правильно выходить из данной ситуации?

Добрый день.

При досмотре транспортного средства без применения видеозаписи обязательно должны присутствовать понятые (ч. 2 ст. 27.9. КоАП РФ), которые должны расписаться в протоколе досмотра — это будет в дальнейшем служить доказательством того, что холодное оружие действительно находилось в Вашем автомобиле. 

Если сотрудники проигнорировали указанное выше требование, нужно зафиксировать их действия на видеокамеру мобильного телефона, указать свидетелей, которые смогут подтвердить, что были допущены нарушения и обратиться к вышестоящему должностному лицу (руководству) с жалобой о самоуправстве со стороны сотрудников.

УК РФ в отношении холодного оружия предусматривает ответственность за незаконный сбыт холодного оружия. За нарушение правил ношения холодного оружия лицо может быть привлечено к административной ответственности по части 4 статьи 20.8 КоАП РФ. Даже если в машине нашли холодное оружие, то ответственность будет как за ношение, т.е. административная.