ООО в целом было открыто для покупки квартиры и оформления на ООО

Есть несколько путей получения квартиры участником общества в вашем случае:

-Договор купли-продажи, в этом случае у ООО возникает реализация и соответственно, налог (возможность уменьшить налог сомнительна, так как вы приобретали на ООО квартиру как основное средство и должны уже были списать сумму приобретения на расходы). При этом, так как лица взаимозависимые, налог будет рассчитан исходя из рыночной стоимости квартиры, независимо от того какую стоимость вы укажите в договоре купли-продажи;

-Ликвидация, доход, полученный участником при распределении имущества ликвидируемого общества, облагается НДФЛ (ст. 209, п. 1 ст. 210 НК РФ, Письмо Минфина России от 20.01.2022 N 03-04-05/3052).
налог уплачивается в следующем порядке:
-доходы участника, превышающие сумму расходов на приобретение доли в уставном капитале, приравнены к дивидендам, ст. 214 НК РФ (пп. 1 п. 1 ст. 208, ст. 209, п. 1 ст. 210, пп. 2 п. 1 ст. 225 НК РФ);
-доходы участника в пределах суммы расходов на приобретение доли в уставном капитале также облагаются НДФЛ (ст. 209, п. 1 ст. 210 НК РФ). Если участник общества — налоговый резидент РФ, то по окончании налогового периода необходимо подать декларацию по НДФЛ, в которой уменьшить доходы, полученные при выходе из общества, на фактически произведенные и документально подтвержденные расходы, связанные с приобретением доли в уставном капитале (пп. 1 п. 1, пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ, Письмо Минфина России от 20.01.2022 N 03-04-05/3052). Если документального подтверждения этих расходов нет, вычет может быть предоставлен в размере, не превышающем 250 000 руб. за налоговый период (пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Имущество (имущественные права), полученные участником при ликвидации общества, оцениваются по рыночной стоимости (п. 1, пп. 1.1 п. 2 ст. 211 НК РФ).
В общем случае ставка налога составляет (п. п. 1, 3 ст. 224 НК РФ):
-  если получатель дохода — резидент РФ — 13% (свыше 5 млн -15%);

-  если получатель дохода — нерезидент РФ, 15% с доходов, превышающих сумму расходов на приобретение доли в уставном капитале,    30% с доходов, не превышающих эту сумму расходов.
-Есть еще вариант с выплатой действительной стоимости доли имуществом (возможен, если в ООО более одного участника).

Доход, полученный участником общества при выходе из российской организации, не облагается НДФЛ, если доля в уставном капитале непрерывно принадлежала данному физлицу на праве собственности (ином вещном праве) более пяти лет (п. 17.2 ст. 217 НК РФ, Письма Минфина России от 06.10.2023 N 03-04-06/95040, от 25.10.2023 N 03-04-06/101345, от 23.11.2021 N 03-04-06/94636, от 07.09.2021 N 03-04-05/72368). 

При этом необходимо дополнительно учитывать следующее:

Передача имущества в пределах первоначального взноса участнику хозяйственного общества при распределении имущества ликвидируемого хозяйственного общества реализацией не признается (пп. 5 п. 3 ст. 39 НК РФ).
В рассматриваемой ситуации стоимость имущества, передаваемого участнику, превышает его первоначальный взнос. Вопрос о том, признается ли доходом ООО стоимость имущества, переданного участнику сверх суммы вклада в уставный капитал ООО, является спорным.
По мнению Минфина России, при передаче участнику, выбывающему из состава общества, имущества по стоимости, превышающей стоимость первоначального взноса, сумма указанного превышения признается реализацией имущества и подлежит обложению налогом, уплачиваемым в связи с применением УСН (Письмо от 25.03.2021 N 03-11-06/2/21517).
При таком подходе стоимость переданного товара сверх суммы первоначального вклада участника будет признана доходом от реализации на дату его передачи участнику и погашения обязательства перед участником по передаче имущества (п. 1 ст. 249, п. 1 ст. 346.15, п. 1 ст. 346.17 НК РФ).

Т.е. есть риск начисления УСН в ООО при ликвидации и передаче имущества участнику.

Все это теоретические выкладки для примерного понимания возможных вариантов. На практике необходимо изучать как отражали покупку квартиры, как ОС или товар, учитывали расходы по УСН, откуда деньги на покупку квартиры (возможно все-таки вносили в уставный капитал, тогда налог будет поменьше и т.п.).