Может это процедура в последствии как-то отразится если я возьму ипотеку и досрочно ее погашу, при оформлении прав собственника квартиры?

Добрый день, Александр.

Условия досрочного погашения задолженности по договору ипотеки необходимо смотреть в тексте самого договора. Как правило банки требуют уплаты комиссии (штрафа) за досрочные выплаты (потому что банк в этом случае теряет собственный заработок от «длинных денег»).

Или можно позвонить в банк (в ипотечный отдел) и уточнить условия погашения, применяемые к заемщикам. 

Погашение ипотечного долга за счет продажи квартиры не запрещено.