Как заключить и подписать соглашение через интернет (онлайн), если мы находимся в разных городах?

Добрый день,

Однозначного ответа в таком случае нет. Законодательство допускает заключение договора в том числе и путем обмена документами, возможно по электронной почте. Но проблема в таких случаях в первоначальной идентификации сторон, никто не сможет гарантировать, что адрес почты принадлежит именно этой стороне.

Можно попытаться сделать немного по другому, составьте договор, укажите в нем адреса электронной почты. В тексте договора укажите, что договор считается заключенным путем согласования посредством переписки по электронной почте (например, отправлением сканов с подписью), кроме того, условием заключения будет взаимное перечисление сторонами символической суммы на счета сторон (допустим 1 рубль), с указанием назначения платежа (в подтверждение заключения договора в такой то редакции), при этом в сообщении к платежу можете прописать электронные адреса сторон.

Для суда, при возникновении конфликта этого будет достаточно, для отчетности в налоговые органы (если хотите перестраховаться) можете обменяться подписанными договорами по почте. 

При большой сумме договора можете воспользоваться услугами нотариуса, есть услуга дистанционное заключение договора. Кроме того, обе стороны могут воспользоваться ЭЦП.