Вопрос как так вышло, что такое выясняется сейчас и откуда вообще этот долг?

Согласно ч. 4 ст. 137 ТК РФ заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:

— счетной ошибки;

— если орган по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признал вину работника в невыполнении норм труда (ч. 3 ст. 155 ТК РФ) или простое (ч. 3 ст. 157 ТК РФ);

— если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.

Счетной ошибкой считается только арифметическая ошибка (ошибка сложения, умножения, вычетания).

Здравствуйте. Для прояснения  данной ситуации вам необходимо обратиться к работодателю с заявлением о выдаче расчетного листа. Ваша задолженность перед организацией должна быть там отражена.